多槽超聲波清洗機在進行操作的過程中其主要的原理就是有效的將其換能器，在運行時將功率超聲頻源的聲能，并且要轉換成機械振動，多槽超聲波清洗機會有效的通過清洗槽壁使之將槽子中的清洗液輻射到超聲波。由于受到輻射的超聲波，使之槽內液體中的微氣泡能夠在聲波的作用下從而保持振動。
多槽超聲波清洗機在運行時當聲壓或者是聲強受到壓力達到一定程度的時候，這樣在運行時氣泡就會迅速膨脹，然后就會又突然閉合，在這段過程中，其氣泡閉合的瞬間產生沖擊波，使氣泡周圍產生1012-1013pa的壓力及局調溫，這種超聲波空化所產生的巨大壓力能破壞不溶性污物而使他們分化于溶液中，蒸汽型空化對污垢的直接反復沖擊。
多槽超聲波清洗機的破壞污物和清洗件表面的吸附，在進行操作時會在另一面能夠引起污物層的疲勞破壞而被駁離，氣體型氣泡的振動對固體表面進行擦洗，污層一旦有縫可鉆，氣泡立即“鉆入”振動使污層脫落，由于空化作用，兩種液體在界面迅速分散而乳化。
當固體粒子被油污裹著而粘附在清洗件表面時，油被乳化、固體粒子自行脫落，超聲在清洗液中傳播時會產生正負交變的聲壓，形成射流，沖擊清洗件，同時由于非線性效應會產生聲流和微聲流，而超聲空化在固體和液體界面會產生高速的微射流。
多槽超聲波清洗機在一定程度上能夠破壞污物，在進行使用時能夠除去或者是削弱邊界污層，在運行時可以增加攪拌和擴散的作用，這樣就可以加速可溶性污物的溶解，強化化學清洗劑的清洗作用。由此可見，凡是液體能浸到且聲場存在的地方都有清洗作用，其特點適用于表面形狀非常復雜的零件的清洗。尤其是采用這一技術后，可減少化學溶劑的用量，從而大大降低環境污染。